Если код, который вы хотите добавить в репо, не слишком велик, вы также можете автоматически копировать его в репо каждый раз, прежде чем нажать.
В моем случае мне, например, нужен один R-файл, который я часто изменяю, в нескольких репозиториях, и я написал небольшой сценарий оболочки:
#!/usr/bin/env bash
cp -r /some/directory/file.R .
git add .
git commit -m "add"
git push
... и я запускаю этот скрипт, чтобы запихнуть все изменения, в том числе в /some/directory.