Если это небольшое веб-приложение и у вас есть база данных:
Одна папка, содержащая все аватары (логотипы). В базе данных вы устанавливаете имя аватара. Также еще одна папка, содержащая все фотографии в галерее. В базе данных у вас есть одна запись для каждого актива, указывающая на ресурс и пользователя.
Если это более крупное или растущее приложение, вы можете автоматически создавать больше папок (по сценарию: каждые 100 файлов создают новую папку) или даже балансировать нагрузку, если более одного сервера предоставляют ресурсы.
Если у вас нет базы данных:
Создайте папку для каждого пользователя, которая будет содержать его аватар и ресурсы. Этот не растет, так как у вас нет базы данных, которая указывает на пользовательские ресурсы: если у вас более одного сервера, вы не можете сказать, «на каком» сервере находятся ресурсы.