Вы можете использовать массив файлов для включения.
В вашем основном файле:
$jsFiles=array('jquery.js','mylib.js','test.js');
В вашем заголовочном файле:
foreach($jsFiles as $jsFile){
print("<script type='text/javascript' src='$jsFile'></script>");
}
Код не тестируется, но это должно дать вам представление.