При поступлении входящего вызова функция
- (void)applicationWillResignActive:(UIApplication *)application;
вызывается, и если вызов пропущен, приложение снова будет активным и функция
- (void)applicationDidBecomeActive:(UIApplication *)application;
называется.
Таким образом, вы можете обнаружить пропущенные вызовы. Нет другого способа сделать это, о котором я знаю.
Единственным недостатком является то, что эти методы также вызываются при блокировке / разблокировке устройства, когда приложение активно, поэтому вы не сможете узнать, был ли это пропущенный вызов или пользователь заблокировал устройство.