Doctrine не поддерживает хранимые процедуры как таковые. Точный метод зависит от версии доктрины, но лучше всего использовать нативный интерфейс доктрины и напрямую вызывать процесс с результатами, в конечном итоге сопоставленными с классом домена, если необходимо.