Когда вам нужно запустить приложение, даже если никто не вошел в систему физически, что является обычным делом для серверных компьютеров, в этом случае хорошим вариантом является служба. Тем более, что служба может быть настроена на автоматический запуск, что означает, что служба запустится, когда машина будет перезагружена без вмешательства человека.
Если, однако, вы хотите разместить веб-службы (WCF), в то время как служба является опцией, вы можете рассмотреть возможность размещения в IIS, это освобождает вас от написания реального кода хостинга и т. Д.