Я думаю, вам нужно отредактировать код мэйнфрейма для лучшего решения. Когда ваш мэйнфрейм сгенерирует XML, вам придется запретить выводить тег, если он пустой.
Я не думаю, что на стороне клиента вы можете сделать что-то особенное. Если полученный вами XML заполнен пустыми тегами, то у вас нет выбора, кроме как проанализировать их все - в конце концов, как вы можете определить, является ли тег пустым, не анализируя его каким-либо образом!
Но, возможно, вы могли бы заменить строку XML в тексте XML до того, как JAX-B доберется до него:
String xml = //get the XML
xml = xml.replaceAll("<.*?/>", "");
Это удалит пустые теги, такие как «», но не «
».