Если это важно, клонируйте производственную систему и сначала установите на клон .NET Framework, чтобы проверить, нет ли каких-либо помех вашему новому приложению.
Как уже сказал Рэндольфо, установка .NET Framework не зависит от среды выполнения VB6. Но имейте в виду, что вы должны перезагрузить свой рабочий сервер и также проверить, не мешают ли ваши новые приложения .NET устаревшему приложению VB6.
В целом, для критически важных систем рекомендуется иметь такой промежуточный сервер для тестирования и вопросов и ответов, который отражает вашу производственную среду.