Вам необходимо добавить обработчик для объекта GDirections для события addoverlay :
GEvent.addListener(gdir, "addoverlay", onGDirectionsAddOverlay);
Когда вызывается ваш обработчик onGDirectionsAddOverlay , вы можете перебирать новые маркеры и заменять их копиями, которые открывают ваше пользовательское информационное окно:
for (var i = 0; i <= gdir.getNumRoutes(); i++)
{
var originalMarker = gdir.getMarker(i);
latLngs[i] = originalMarker.getLatLng();
icons[i] = originalMarker.getIcon();
newMarkers[i] = new GMarker(latLngs[i], { icon: icons[i], draggable: true, title: 'Kan flyttes' });
map.addOverlay(newMarkers[i]);
// add stuff to your newMarkers[i] click event...
// ..
// Now we can remove the original marker safely
map.removeOverlay(originalMarker);
}