Пакет javax.crypto, как упомянул Боб, будет вашим лучшим выбором, поскольку он является частью Java API. С учетом сказанного я знаю, что реализация, которая идет с JDK (по крайней мере, для некоторых алгоритмов и в более старой версии JDK), была довольно медленной.
Если вы ищете альтернативные реализации (которые все еще соответствуют спецификации javax.crypto), взгляните на Bouncy Castle:
http://www.bouncycastle.org/