Попробуйте создать несколько других файлов cookie с тем же именем, но с другим доменом. Пример:
setcookie('mycookie','mydata1',time() + 2*7*24*60*60,'/','www.domain.com', false);
setcookie('mycookie','mydata2',time() + 2*7*24*60*60,'/','www.domain.com', false);
setcookie('mycookie_top','mydata1',time() + 2*7*24*60*60,'/','domain.com', false);
setcookie('mycookie_top','mydata2',time() + 2*7*24*60*60,'/','domain.com', false);
Затем проверьте куки, созданные этими командами в Firebug. Если вы продолжали получать двойной cookie, то это может быть ошибка в PHP. Также попытайтесь установить cookie в коде javascript, посмотрите, не возникли ли у вас те же проблемы.