Не могли бы вы уточнить
"К сожалению, я бью пики, которые могут выдержать более тысячи поколений, прежде чем мутировать из них и получить лучшие результаты"?
Вы можете проверить операторы кроссовера, чтобы убедиться, что у вас нет повторяющихся узлов в дочерних хромосомах.Пара таких операторов кроссовера - операторы Order Crossover (OX) и Edge Crossover.
Мутация может быть такой же простой, как простое переключение двух позиций в одной хромосоме.
Кстати, так как вы пометили "python", взгляните на Pyevolve также есть пример TSP.