Я категорически не согласен с вашим утверждением о том, что файлы web.config "широко осуждаются". По моему опыту, они просты в обслуживании и управлении, а в некоторых случаях это единственное место, где вы можете поместить данные конфигурации.
Стоит отметить, что VS2010 поддерживает конфигурацию каждой сборки web.config. У меня есть web.config, web.debug.config и web.release.config. Файлы отладки и выпуска переопределяют строки подключения, указанные в web.config, и заменяют их правильными строками, в частности для моих отладочных и производственных SQL-серверов. Я также использую это для настройки некоторых значений AppSettings.
Поскольку вы можете добавить конфигурацию сборки для стольких целей и конфигураций, сколько вам нужно, я не понимаю, почему вы почувствуете необходимость изобретать колесо, разработав другой репозиторий.
Тем не менее, вы можете использовать практически любой репозиторий для любых данных, которые вы хотите сохранить. База данных, текстовый файл конфигурации в формате по вашему выбору, зашифрованное изображение или что у вас есть.