Для пакета в пакете введите имя родителя, точку, а затем имя дочернего пакета следующим образом: Nodes.Expressions
.
Возможно, он появится как отдельный пакет в IDE, но иерархия папок будет такой, как вы хотите: Nodes / Expressions / [классы и т. Д.]