Windows (или стандартная CRT, во всяком случае) имеет то же семейство функций utimes , что и в UNIX.
struct _utimebuf t;
t.tma = 1265140799; // party like it's 1999
t.tmm = 1265140799;
_utime(fn, &t);
Используя функции Win32, FILE_BASIC_INFO можно установить с помощью SetFileInformationByHandle .
FILE_BASIC_INFO b;
b.CreationTime.QuadPart = 1265140799;
b.LastAccessTime.QuadPart = 1265140799;
b.LastWriteTime.QuadPart = 1265140799;
b.ChangeTime.QuadPart = 1265140799;
b.FileAttributes = GetFileAttributes(fn);
SetFileInformationByHandle(h, FileBasicInfo, &b, sizeof(b));