Я вижу, что могу запустить проект Java EE в Netbeans. Итак, что за основа NetBeans используется под.
Хм ... Ничего. NetBeans - это просто IDE, позволяющая вам использовать любую среду, которую вы хотите: JSF 2.0, Wicket, Struts 2, Stripes, Spring MVC, ваш собственный яд. Конечно, можно сказать, что NetBeans продвигает (и поддерживает) JSF 2.0, но это не значит, что вы не можете использовать другую платформу, просто добавьте необходимые библиотеки в свой проект.
В любом случае Spring MVC является лишь одним из вариантов среди других и не является абсолютным требованием для написания приложений Java EE. Некоторые приложения Java EE даже не имеют веб-интерфейса. И, хотите верьте, хотите нет, но вы можете написать приложение Java EE - особенно приложения Java EE 6 - без Spring :)