в jquery вы можете использовать:
$(document).ready(function(){/*do stuff here*/});
, который гарантирует, что javascript загружен, и dom готов, прежде чем делать ваши вещи.
в прототипе похоже, что это может сработать
document.observe("dom:loaded", function() {/*do stuff here*/});
Если я правильно понимаю вашу проблему .. Я думаю, что это может помочь ..
Если вы не хотите полагаться на библиотеку, чтобы сделать это ... Я думаю, это может сработать:
<script>
function doIt() {/*do stuff here*/}
</script>
<body onLoad="doIt();"></body>