Событие Application_Start будет запущено, когда IIS / cassini / что-либо еще загружает ваше приложение (задолго до того, как были сделаны какие-либо HTTP-запросы).
Читая ваши комментарии, вы хотите, чтобы это была «одноразовая операция», которая действительно не имеет смысла. Ваше приложение не столько «запускается локально», но может запрашиваться локально и / или удаленно несколько раз в течение своего жизненного цикла. Имея это в виду, вам нужно проверять каждый запрос, как прокомментировал Дэвид.
Может быть, было бы лучше, если бы вы немного объяснили, чего вы пытаетесь достичь?