Модель безопасности в системах на базе Windows NT очень отличается от модели Unix, которую использует подавляющее большинство систем Linux. Они работают из ACL (списков контроля доступа) и могут стать очень витиеватыми с точки зрения того, кто получает какое разрешение и где. Кроме того, они применяются почти к каждому (возможно, даже к каждому?) Объекту в Win32 API, а не только к файлам. (Это не относится к патологическим файловым системам FAT, если память служит.)
Я бы порекомендовал внимательно посмотреть, как работает модель безопасности Win32 , прежде чем начинать возиться с такими инструментами, как cacls (ближайший к chmod, который вы найдете), потому что вы можете сильно повредить свою систему, если вы возитесь с разрешениями, не понимая их. Это намного сложнее, чем ванильный Linux.