Принимая значение, которое вы получите:
var selected = $('#shopselect option:selected').text()
(кстати, вы забыли здесь точку с запятой) - это либо "primark", либо "boots",
Вы должны иметь доступ к данным следующим образом:
var coords = data.shops[selected];
if ($(".layer1:visible").length) {
$("#viewport").mapbox("center", {
x: coords.l1x,
y: coords.l1y
});
и т.д.