Как правило, файлы конфигурации используются для определения ресурсов, внешних по отношению к приложению, но используемых приложением, которые могут варьироваться от установки к установке. Если что-то является неотъемлемой частью архитектуры или работы приложения и не должно изменяться, я предлагаю не помещать это в файл конфигурации, потому что это не будет чем-то настраиваемым. Скорее положите такие кусочки в бутстрап.
Общий смысл простого текстового или XML-файла конфигурации заключается в том, что кто-то, устанавливающий и использующий программное обеспечение, может легко отредактировать его для определения необходимых значений конфигурации. Такой человек не должен быть разработчиком и не должен понимать, что такое приложение.
Я думаю, что опасно представлять составные части программного обеспечения в файле, который будет редактироваться другими, особенно если они никогда не должны изменяться. Технически, это не то, что настраивается. Поэтому его не должно быть в файле конфигурации.
Я часто вижу это в руководствах по Zend как простой способ определения составных частей приложения Zend. Я думаю, что это вызывает проблемы.