Считайте это вторым голосом за Графвиз . Формат довольно прост, а механизм компоновки мощный. Установив Graphviz, вы можете добавить PyDot для запуска или просто записать свои данные в файлы с форматом, отображающим структуру графика.
Посмотрите руководство пользователя Graphviz ( pdf ).
Если бы вы хотели сделать свой собственный выбор, я бы выбрал matplotlib, но компоновка сложная.