У нас была эта проблема с SQL Server 2005 на нашем сервере разработки. В нашем сценарии происходило то, что учетная запись пользователя, под которой выполнялись автоматические обновления, не была администратором локальной машины. Автоматические обновления были в очереди, машина пыталась применить их к SQL 2005, была в состоянии завершить работу службы, но никогда не перезапускала ее после неудачного применения исправлений.
Возможно, это не ваш сценарий, но симптомы звучат похоже. Записи в журнале событий? (Они были для нас контрольным сигналом; мы прогуглили сообщение и узнали об автоматических обновлениях.)