Да, это возможно с помощью метода setLocation:
mydialog.setLocation(200,200);
Но вы должны установить местоположение, прежде чем устанавливать видимое.Компоненты Swing не могут динамически перегенерироваться после видимости.Просто установите местоположение, прежде чем установить видимым на true.