Если у вас нет альтернативы использованию службы WCF, вы можете использовать GUID при вызове веб-службы. Таким образом, вы можете определить некоторый GUID из белого списка, который вы передадите в качестве параметра при вызове веб-службы, и вы можете проверить правильность каждого вызова веб-службы.