Вам не нужно использовать jQuery для показа рекламных баннеров.Вы можете использовать чистый JavaScript.Вот как работает реклама Google, а также как варианты с открытым исходным кодом, такие как OpenX Ad Server.Вы можете даже загрузить javascript из php-файла, где вы можете выполнять логику для своей базы данных баннеров, если захотите.
Я решил эту проблему несколько месяцев назад, используя OpenX Ad Server, а не разрабатывал свое собственное решение,С тех пор я полностью доволен продуктом.