Нет никакой пользы от использования функции setup / build / what, которая вызывается только из функции инициализации класса mootools.
Полагаю, это различие происходит от языков, в которых у вас нет аргументов переменных функций, а скорее перегружены имена функций различными наборами аргументов. Как Java.
В Java это имеет смысл. Когда у вас есть несколько конструкторов, которые отличаются по аргументам, которые они принимают, то вы обрабатываете специфические для аргументов операции в вашем конструкторе и общие вещи, которые каждый конструктор должен вызывать в методе, который вызывается всеми конструкторами.
Лично я не делаю это различие в моих классах mootools, а скорее лишь использую функции в своей собственной функции, если необходимо повторно использовать код из другой функции.
Не запутайтесь в функциях настройки, в них нет скрытой силы.