Сначала вы можете попробовать психо, которое может увеличить скорость до 10 раз, но в 2 раза более типично
Если вы можете опубликовать код где-нибудь, возможно, кто-то может указать, как использовать numpy.
Если ваша задача не отображается должным образом, только numpy, тогда Cython является хорошим выбором для преобразования интенсивной функции или двух в код на C, просто добавив несколько cdefs.
Если вы покажете нам код (даже только горячие точки), мы, возможно, дадим вам лучший совет.
Возможно, вы сможете изменить свой алгоритм