Предполагая, что вы доверяете обеим сторонам передачи файлов, вы можете использовать вместо этого SCP (передача файлов по SSH) или FSTP, так что вся связь будет зашифрована.
Если вы не хотите или не можете, тогда вы можете зашифровать файлы, есть хорошее Руководство MSDN о том, как шифровать / дешифровать файлы.