Не много деталей в этом вопросе, поэтому мне придется немного угадать. Вы можете относиться к каталогам так же, как свойства. Итак, вы можете сделать что-то вроде:
<Directory Id="TARGETDIR" Name="SourceDir">
<Directory Id="ProgramFilesFolder" Name="PFiles">
<Directory Id="AppFolder" Name="PFiles">
<Directory Id="BinFolder" Name="Bin">
<Directory Id="Dir1" Name="Dir1" />
<Directory Id="Dir2" Name="Dir2" />
</Directory>
<Directory Id="LibFolder" Name="Lib">
<Directory Id="Dir3" Name="Dir3" />
</Directory>
</Directory>
</Directory>
</Directory>
<SetProperty Id="BinFolder" Value="[AppFolder]" After="CostFinalize">HOW_EVER_USER2_DETECTED</SetProperty>
<SetProperty Id="LibFolder" Value="[Dir2]" After="CostFinalize">HOW_EVER_USER2_DETECTED</SetProperty>
Это может быть не совсем правильно, но это приблизит вас. Вы также можете посмотреть на использование элемента CustomAction, который использует атрибуты Directory и Value для перенаправления, если механизм Property не работает идеально.
Кроме того, как и другие упоминали. Это странно Я бы предложил убрать требование из продукта. ;)