Вы не можете избавиться от этой проблемы. Если вы скопировали каталог / файл, вы должны включить оба (источник и место назначения) в svndumpfilter.
Однако вы можете сделать несколько трюков:
Если вы выгружаете хранилище не из ревизии 0, а говорите, например, из ревизии 100 вы получите новый репозиторий с ревизией 1-100. Однако в вашем конечном хранилище все файлы / папки в редакции 1 являются исходным хранилищем в редакции 100. Таким образом, вы можете избавиться от версионных данных без потери HEAD-Revision.
Вы можете попробовать сбросить / загрузить исходный репозиторий до первой копии в "плоский" репозиторий, а затем добавить в него оставшиеся дампы. Таким образом, вы можете пропустить хлопотную ревизию с копией, так как ваши файлы уже находятся в подходящей (целевой) директории.