Является ли ваша главная вкладка, которая является ZombieTab, занимает все пространство?
Если да, я бы внес изменения для дочерних панелей как
ZombieTab_MainTab.superclass.constructor.call(this, {
id: 'zombie-main-tab',
layout:'fit',
title: 'Main',
items: {
layout:'border',
items:[top_bar, logs]
}
});
аналогично для других дочерних панелей.
Для панели инструментов на вкладке команд попробуйте заменить ее на обычную панель инструментов Ext и посмотрите эффект.
bbar: new Ext.Toolbar({
id: 'exploits-bbar-zombie-'+zombie_ip,
text: 'ready',
border: false,
iconCls: 'x-status-valid',
items : [ { text: 'test'} ]
})