Для обработки подтверждения ваш код должен выглядеть так:
selenium.Click("ctl00_btnAddressBook");
selenium.WaitForPageToLoad("30000");
//the IDE code is to get around the IDE bug that it waits on click but it works in Se:RC
selenium.Click("ctl00_page_content_ExistingEmployees_ctl03_btnDeleteEmployee");
//handle the confirmation that appears after the click
string confirmMessage = selenium.GetConfirmation();
//Assert its the correct message
Assert.IsTrue(Regex.IsMatch(confirmMessage,"Are you sure you want to delete the selected item?"));
Это должно нажать на элемент удаления и затем получить подтверждение, и если вы хотите, оно может подтвердить свое правильное сообщение