Для меня это звучит так, как будто вы хотите сериализовать Java-классы в БД. Насколько мне известно, это совершенно нормально, хотя я никогда не делал это сам. Вот ссылка на учебник , но вы можете легко зайти в Google, чтобы узнать больше.
OTOH, подумав, зачем вам на самом деле нужно хранить полный экземпляр класса в БД? Разве этого недостаточно, чтобы сохранить полное имя класса, затем загрузить класс и создать его экземпляр (с желаемыми свойствами, которые также могут быть получены из конфигурации) через Spring?
Обновление: ОК, теперь я понимаю ваш случай лучше.
Сериализация может быть приемлемым вариантом, если вы можете ограничить своих конечных пользователей в предоставлении сериализуемых классов стратегии. Обратите внимание, что сериализация имеет свои особенности, поэтому для ее правильной работы требуется более глубокое знание Java. Джош Блох в Effective Java 2nd Ed. посвящает всю главу 11 сериализации. Выполнение кода, предоставленного сторонними организациями, также может представлять угрозу безопасности.
Другим возможным вариантом может быть реализация элементов вашего DSL самостоятельно, а затем предоставление конечным пользователям того, что они хотят, из элементов, предоставленных вами. Это было бы безопаснее и надежнее, поскольку у вас все еще был контроль над тем, что попадает в БД и что выполняется.