Просто уменьшите NR в комментариях:
awk '/^[[:space:]]*#/ { NR-- } {sum+=$3} END { ... }' coriolis_data
Хорошо, это ответило на вопрос, который вы задали, но вопрос, который вы действительно имели в виду:
awk '{ if ($0 ~ /^[[:space:]]*#/) {NR--} else {sum+=$3} END { ... }' coriolis_data
(Более привычно использовать шаблоны вне блоков, как в первом ответе, но чтобы сделать это таким образом, вам придется написать свой шаблон комментариев дважды.)
Редактировать: Уилл предлагает в комментариях использовать /.../ {NR--; next}
, чтобы избежать блока if-else. Я думаю, что это выглядит чище, когда у вас есть более сложные действия для соответствующих записей, но не имеет большого значения для чего-то такого простого. Возьми свою любимую!