Хранилище данных App Engine не имеет схемы. Это означает, что любые свойства, существующие в сущности во время вставки, определяют это свойство. Вся информация о типах существует в ваших классах Java.
Если ваша сущность уже развернута в рабочей среде и вы удалили поле, это не приведет к обратному удалению свойства из уже сохраненных сущностей. Вам нужно будет создать набор задач в очереди задач, чтобы пройти и заново сохранить все эти объекты. Вероятно, лучше сделать этот шаг перед миграцией на новую сущность, чтобы не нарушать свою бизнес-логику в другом месте.