Если die уничтожает соединение с mysql, тогда да, транзакция закрывается. Если вы просто оставляете транзакцию зависшей, у вас могут возникнуть проблемы.
Я бы порекомендовал убедиться, что транзакция и фиксация находятся в одном и том же mysql_query, если это вообще возможно, чтобы гарантировать, что это действительно происходит.