Я - парень Rails + Flex, но IIRC, CakePHP очень похож на Rails. Предполагая, что это правда, архитектура MVC довольно хорошо работает с интерфейсом Flex.
Действительно, единственное различие между приложением Flex и обычным приложением HTML заключается в возвращении XML для Flex для интерпретации вместо HTML для интерпретации браузером. С этой точки зрения, объединение Flex с любой средой MVC - хорошая идея по сравнению с плоским PHP.