У меня такое ощущение, что вы сохраняете куки в нескольких местах. Поскольку вы сами их называете, имя может быть таким же, но на самом деле это будет совершенно другой сеанс.
Посмотрите на вашем сервере фактические файлы сеанса. Они все там, где и должны быть? Есть ли какая-то куча, показывающая, где они не принадлежат?
Если это так, то ваш путь, вероятно, устанавливается относительным, а не абсолютным, даже если это не похоже на то, что вы здесь показали.
Кроме того, возможно, вам следует отключить оператор отключения (@) из ini_set (), чтобы вы могли видеть, жалуется ли он на что-либо?