Как уже упоминалось, попробуйте привязку сборки. У меня Autofac 1.4 работает отлично с MVC 2 RC, хотя упоминается как сборка.
<configuration>
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="System.Web.Mvc" publicKeyToken="31bf3856ad364e35"/>
<bindingRedirect oldVersion="1.0.0.0" newVersion="2.0.0.0"/>
</dependentAssembly>
</assemblyBinding>
</runtime>
</configuration>
Я не могу точно сказать, почему включение проекта MVC в ваше решение вместо ссылки на него имеет значение.