Вы не указали, какой тип базы данных, поэтому я предполагаю что-то в стиле SQL и доступное через JDBC. Если это так, DBBackup должен делать то, что вы хотите. Тем не менее, вы можете использовать встроенный в базу данных инструмент (для MySQL это mysqldump; для PostgreSQL, pg_dump), поскольку он, вероятно, будет быстрее, надежнее и т. Д.