Здесь решение, использующее pmatch
(это дает «дополнение», как вам нужно):
x <- c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,2,1,1,1,3)
y <- c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1)
res <- x[is.na(pmatch(x,y))]
Из pmatch
документации:
"Если duplicates.ok равен FALSEзначения таблицы после совпадения исключаются из поиска последующих совпадений. "