Я бы не рекомендовал удалять Silverlight 3.0 SDK. Фактически при установке VS2010 будет установлен Silverlight 3 и его SDK.
Полагаю, вы обновили решение и файлы проекта, но VS2010 все еще является проектом Silverlight 3, и он рад поддержать разработку Silverlight 3. В отсутствие Silverlight 3 SDK он не может найти ни одного ссылки это нужно.
С установленными инструментами Silveright 4.0 перейдите на страницу свойств Silverlight проекта Silverlight и установите для Target Silverlight Version значение «Silverlight 4».