Может быть ошибочный обработчик onunload. Если оба окна открыты для одной и той же страницы, то перезагрузка в одном из них вызовет onunload, что в конечном итоге вызовет window.blur (). Если оба окна являются дочерними окнами одной родительской страницы (т. Е. Созданы с помощью window.open () или обычной ссылки с target = "somename"), им может быть присвоено одно и то же имя.
Я не знаю, каковы приоритеты FF для конфликтующих имен окон в JavaScript, но вы можете попробовать открыть два окна в разных порядках и перезагрузить одно или другое и посмотреть, какое из них минимизируется (если вообще).