Я думаю, что все, что вы можете сделать, это использовать команду TF merge, чтобы определить, какие наборы изменений не были объединены в другую ветку - по одной ветви за раз.
tf merge /recursive /format:brief /candidate $/Branch1 $/Branch2 /preview
покажет вам, какие наборы изменений из branch1 являются кандидатами для объединения в ветку 2. Конечно, вы можете поместить это в скрипт для запуска несколько раз.