Вы можете изменить идентификатор сеанса, включив короткий префикс сайта. Просто измените ваш сеанс создания так, чтобы он вызывал session_id ($ new_id) перед созданием сеанса.
Это также позволит вам перечислить все текущие сеансы для каждого сайта в поисках префикса. Более оптимальным решением было бы разделить сеансовый ключ на два поля, индексированные как по префиксу, так и по уникальному ключу - префиксному индексу. Вам потребуется изменить функцию создания сеанса, чтобы реализовать это.
Вы можете даже подтвердить этот префикс и отклонить сеанс, если он привязан к другому веб-сайту, что повышает безопасность.
В противном случае, если ваш идентификатор сеанса сгенерирован правильно, у вас не должно быть проблем с коллизиями.