Я не совсем уверен, какова ваша точная ситуация. Вероятно, есть простое решение, которое включит работу. Это исправление, вероятно, будет предоставлено в другом ответе.
Вместо этого я собираюсь предложить вам best-practice
(ну, может быть, не «лучший», но хорошая практика):
В первом вызываемом вами файле или в файле конфигурации определите константу, которая является путем к первому каталогу, в котором содержатся ваши файлы.
Так что если вы работаете в /home/user/domains/test.com/
:
DEFINE('SITE_PATH', '/home/user/domains/test.com/');
Тогда, когда вы включаете что-то, используйте это как отправную точку
include(SITE_PATH . "lib/test.class.php");
Это гарантирует, что PHP использует полный путь к файлу, и вам не нужно беспокоиться о включении файла относительно него.
Это очень полезно, когда вы меняете расположение файлов, так как вам не нужно менять включения, когда вы перемещаете файл, включая все.