Я не уверен, что понимаю, что вы имеете в виду: если вы запускаете консольную программу из сценария .bat / .cmd, эта программа будет использовать существующее консольное окно *, а не создавать новое..
Я подозреваю, что вы на самом деле спрашиваете, как запретить Проводнику открывать окно консоли для самого скрипта .bat / .cmd * .Нет встроенного способа сделать это (хотя, как предложил amir75, вы можете уменьшить его, запустив свернутый сценарий; вместо непосредственного запуска сценария создайте для него ярлык и измените его свойства).
Кроме того, вы можете запустить свой скрипт через программу Silentbatch , которую мы с Полом Майнером написали.