Итак, сначала вам нужно будет передать указатель на myPipes
:
void allocateMemory(int rows, int cols, int ***myPipes) { ... }
Тогда легко:
*myPipes = malloc(sizeof(int) * rows * cols);
И, конечно, вы бы назвали это с:
int **somePipes;
allocateMemory(rows, cols, &somePipes);