Задача XmlPeek доступна только в MSBuild для .NET 4 . Поэтому вам нужно использовать MSBuild v4.0 и указать в своем файле msbuild версию инструмента , которую вы используете.
Вот пример файла проекта, где мы ищем узел сообщения.
<Target Name="TestXmlPeek">
<XmlPeek Namespaces="<Namespace Prefix='msb' Uri='http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003'/>"
XmlInputPath="$(MSBuildProjectFile)"
Query="/msb:Project/msb:Target[@Name='TestXmlPeek']/msb:Message">
<Output TaskParameter="Result" ItemName="Peeked" />
</XmlPeek>
<Message Text="@(Peeked)"/>
</Target>
</Project>